Al frente de la estructura se sitúa la Coordinadora de la Unidad. La Unidad se organiza en cinco áreas que son consecuencia de sus líneas estratégicas: Planificación Estratégica; Investigación e Innovación; Utilización de la Investigación; Formación y Asesoría.

La responsable de la Unidad de Investigación en cuidados y servicios de salud (Investén-isciii) es Mª Teresa Moreno Casbas. 

La organización de Investén-isciii se estructura en torno a un área intramural, coordinada desde el Instituto de Salud Carlos III donde Investén-isciii tiene su sede, y otra extramural en la que participan la mayoría de las Comunidades Autónomas.

Como órgano asesor de la Unidad en todas las cuestiones que puedan facilitar e impulsar la investigación en cuidados se crea una Comisión Consultora cuyos miembros serán nombrados por el director del ISCIII a propuesta del grupo de responsables. La Comisión Consultora tiene carácter multidisciplinar y está constituida por representantes de las organizaciones académicas que agrupan las titulaciones relacionadas con el ámbito de cuidados, representantes de asociaciones científicas y profesionales relacionadas con el ámbito de cuidados, Investigadores Principales de proyectos de investigación, personas de relevancia científica demostrada y representantes de Asociaciones de pacientes relacionadas con el ámbito de cuidados.